Terdapat dua medan perang penting dalam Perang Saudara - di barat dan timur. Di timur, ibu negara AS iaitu Washington D.C., dan bagi pihak Gabungan, ibu negaranya adalah Richmond. Kedua-dua bandar ini hanya terpisah dalam jarak 90 batu. Di sini, pemimpin perang Gabungan dari tahun 1862 hingga tamat perang adalah Robert E. Lee. Lee dikatakan seorang general yang sangat bagus dan menang banyak peperangan. Dia berjaya menyelamatkan tentera-tentera Gabungan dari kekalahan teruk di tangan tentera Kesatuan. Walaupun tentera Kesatuan lebih ramai, mereka tidak dapat menawan Richmond sehinggalah tamatnya perang pada tahun 1865.

Di bahagian barat, di mana terdapat Sungai Mississippi, menyaksikan banyak kemenangan oleh tentera Kesatuan yang dipimpin oleh Jeneral Ulysses S. Grant (beliau kemudian menjadi Presiden Amerika Syarikat). Pihak utara menawan hampir semua bandar berdekatan Sungai Mississippi tetapi pihak Gabungan masih memegang bandar penting, Vicksburg. Pada 4 Julai 1863 setelah lama dikepung, tentera yang bertahan di Vicksburg menyerah kalah kepada Grant. Ini memecahkan Gabungan kepada dua pihak dan kemenangan di Vicksburg dianggap titik perubahan penting dalam perang saudara.

Satu lagi titik penting dalam perang berlaku di timur. Selepas beberapa kemenangan, Jeneral Lee mengambil keputusan untuk menceroboh utara. Lee dan tenteranya mara ke Pennsylvania dan bertembung dengan tentera Kesatuan berdekatan dengan Gettysburg, Pennsylvania. Perang Gettysburg berlangsung selama tiga hari, 1-3 Julai 1863 dan tentera Kesatuan berjaya mematahkan serangan. Lee dan tenteranya berundur ke selatan.

Lincoln memutuskan Ulysses S. Grant sebagai jeneral terbaik dan melantik Grant sebagai komander untuk seluruh tentera Kesatuan. Grant menyerang Lee dengan tenteranya yang ramai sehinggalah Lee menyerah kalah pada 9 April 1865 berdekatan Mahkamah Appomattox.